กองกิจการนิสิต มหาวิทยาลัยนเรศวร เป็นหน่วยงานหนึ่งในสังกัดสำนักงานอธิการบดี ตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2537 โดยมีการแบ่งส่วนราชการในครั้งแรก จำนวน 5 หน่วยงาน ประกอบด้วย งานธุรการ งานกิจกรรมนิสิต งานบริการและสวัสดิการนิสิต งานแนะแนวการศึกษาและจัดหางาน และงานวินัยนิสิต ต่อมาภาระงานของกองกิจการนิสิตมีเพิ่มขึ้นเนื่องจากมหาวิทยาลัยได้รับนิสิตเข้ามาศึกษาต่อเพิ่มขึ้น    ดังนั้น ในปี 2545 ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2545 จึงได้อนุมัติให้กองกิจการนิสิตเพิ่มหน่วยงานภายในขึ้น จำนวน 2 งาน ได้แก่ งานทุนการศึกษาและงานกีฬา ดังนั้น กองกิจการนิสิตจึงมีหน่วยงานภายในทั้งสิ้น 7 หน่วยงาน

        ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2552 ได้มีการปรับเปลี่ยนคณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยชุดใหม่และได้กำหนดนโยบายการบริหารงานและปรับเปลี่ยนภาระงานของหน่วยงานภายในกองกิจการนิสิต โดยมติสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่ 144 (5/2552) เมื่อวันที่ 25 เมษายน 2552 ได้แบ่งส่วนราชการภายในกองกิจการนิสิตใหม่ ออกเป็น 7 งาน ตามภารกิจหลัก ได้แก่ งานกิจกรรมและพัฒนานิสิต งานธุรการ งานทุนการศึกษาและสวัสดิการนิสิต งานบริการนิสิต งานวินัยนิสิต งานส่งเสริมสุขภาพ กีฬาและดนตรี และงานศิษย์เก่าสัมพันธ์ ซึ่งต่อมาในเดือนพฤศจิกายน 2554 งานศิษย์เก่าสัมพันธ์ ได้รับการยกระดับหน่วยงานเป็นกองพัฒนาศิษย์เก่าสัมพันธ์ 

       ในปี พ.ศ. 2555 กองกิจการนิสิต ได้ปรับโครงสร้างส่วนงานภายในใหม่ตามมติสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่ 174 (8/2555) เมื่อวันที่ 26 สิงหาคม 2555 โดยแบ่งส่วนราชการภายในกองกิจการนิสิต ออกเป็น 3 งาน ได้แก่ งานธุรการ งานส่งเสริมและพัฒนานิสิต และงานสวัสดิการและสนับสนุนนิสิต

      ในปี พ.ศ. 2558 มหาวิทยาลัยมีนโยบายให้ปรับโครงสร้างหน่วยงานภายใต้สำนักงานอธิการบดี ตามมติสภามหาวิทยาลัยนเรศวร ครั้งที่ 207 (5/2558) เมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 2558 โดยปรับโครงสร้างหน่วยงานย่อยกองกิจการนิสิต จากเดิม 3 หน่วยงาน ปรับใหม่เป็น 2 หน่วยงาน ได้แก่ งานกิจกรรม และงานสวัสดิการและแนะแนว

      ในปี พ.ศ. 2560 มหาวิทยาลัยมีนโยบายให้ปรับโครงสร้างหน่วยงานภายใต้สำนักงานอธิการบดีตามมติสภามหาวิทยาลัยนเรศวร ครั้งที่ 237 (12/2560) เมื่อวันที่ 26 สิงหาคม 2560 โดยปรับโครงสร้างหน่วยงานย่อยกองกิจการนิสิต จากเดิม 2 หน่วยงาน ปรับใหม่เป็น 5 หน่วยงาน ได้แก่ งานกิจกรรมพัฒนานิสิต  งานบริการสวัสดิการนิสิต งานศิษย์เก่าสัมพันธ์ งานอำนวยการ และงานจัดการหอพักนิสิต

       ในปี พ.ศ. 2561 มหาวิทยาลัยได้ปรับโครงสร้างส่วนงานภายในมหาวิทยาลัยนเรศวร สำนักงานอธิการบดี ตามมติสภามหาวิทยาลัยนเรศวร ครั้งที่ 251 (9/2558) เมื่อวันที่ 26 สิงหาคม 2561 โดยปรับหน่วยงานภายในกองกิจการนิสิต จากเดิม 5 หน่วยงาน ปรับใหม่เป็น 4 หน่วยงาน ได้แก่ งานกิจกรรมพัฒนานิสิต งานบริการสวัสดิการนิสิต งานศิษย์เก่าสัมพันธ์ และงานจัดการหอพักนิสิต

        ในปี พ.ศ. 2562 จนถึงปัจจุบันได้ปรับโครงสร้างส่วนงานภายในมหาวิทยาลัยนเรศวรสำนักงานอธิการบดีตามมติที่ประชุสภามหาวิทยาลัยครั้งที่ 263 (7/2562) เมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม 2562 อนุมัติให้ปรับโครงสร้างของกองกิจการนิสิต ตั้งแต่วันที่ 21 กรกฎาคม 2562 เป็นต้นไป จากเดิม 4 หน่วยงาน ได้แก่ งานกิจกรรมพัฒนานิสิต งานบริการสวัสดิการนิสิต งานศิษย์เก่าสัมพันธ์ และงานจัดการหอพักนิสิต ปรับใหม่เป็น 4 หน่วยงาน ได้แก่ งานอำนวยการ งานกิจกรรมพัฒนานิสิต งานบริการสวัสดิการนิสิต และงานศิษย์เก่าสัมพันธ์